Rubisco
La célébre et très grosse RUBISCO est la plus abondante protéine sur Terre et pas loin d'être une des plus importantes puisqu'elle réalise, au cours de la seconde phase de la photosynthèse dite biochimique, l'entrée du carbone minéral en permettant la fixation du CO2 sur un sucre en C5, le ribulose bi-phosphate. Ce sucre en C6 instable se scindera rapidement en 2APG qui sont aussi étudiés ici. Ces acides seront ensuite réduits en sucres, des glycaldéhydes 3-phosphates par réduction par le NADPH+H+
(NB l'activité Oxygénase de la RUBISCO ou photorespiration qui voit l'enzyme casser le C5 en C3 +C2 grâce à l'oxygène n'est pas traité dans ces animations)
Si on estime que la Rubisco représente plus de 50% des protéines solubles des chloroplastes des végétaux chlorophylliens, cette enzyme est alors probablement la plus abondante de notre planète.
Elle doit son nom à sa double fonction. Etant capable de carboxyler son substrat, le ribulose-1,5-biphosphate, ou de l'oxygéner, c'est donc une ribulose-biphosphate carboxylase/oxygénase.
Son abondance est probablement liée à sa paresse: elle ne transforme que 3 molécules de substrat par seconde au lieu de 1000 pour une enzyme-type.
On considère aujourd'hui qu'elle est formée de 8 grosses sous-unités de 55 Kd codées par des gènes chloroplastiques et de 8 petites de 15 Kd codées par des gènes nucléaires.
Le plus gros fichier présenté par la suite ne représente donc que la moitié d'une enzyme telle qu'on l'imagine actuellement.
Les sites actifs sont situés sur les grosses sous-unités et apparamment construits autour d'atomes de magnésium.
Voici des excellentes animations interactives qui permettent de visualiser en 3D les molécules présentes : l'enzyme RUBISCO, ses nombreuses sous-unités, ses sites actifs avec le magnesium, le substrat et les produits de la réaction.
Vous pourrez choisir le mode d'affichage, faire disparaître certaines parties , coloriser de différentes façons, faire tourner les molécules en 3D. .
Aperçus
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